Những khuất tất trong vụ án VN Pharma buôn lậu thuốc chữa bệnh và những người ở Bộ Y tế có liên quan đến vụ án này đang được Thanh tra Chính phủ cũng như các cơ quan chức năng khác tiến hành điều tra làm rõ. Nhưng có một thực tế cho thấy việc bỏ lọt tội những người ở Bộ Y tế trong vụ án này là một sai sót lớn, không phù hợp với tính chất của vụ án.