Doanh nghiệp đóng cửa, mã số thuế vẫn “sống”: Làm gì để tránh rủi ro?

PV An ninh Thủ đô đã có cuộc trao đổi với Luật sư Nguyễn Văn Tuấn - Giám đốc Công ty Luật TNHH TGS (Đoàn Luật sư TP Hà Nội) xung quanh việc xử lý doanh nghiệp ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn tất thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế.

Ngừng kinh doanh không đồng nghĩa hết nghĩa vụ thuế

PV: Thưa Luật sư, doanh nghiệp, hộ kinh doanh đã ngừng hoạt động nhiều năm nhưng chưa chấm dứt mã số thuế có phải tiếp tục thực hiện nghĩa vụ thuế, lệ phí trong thời gian này không?

Luật sư Nguyễn Văn Tuấn: Đóng cửa không đồng nghĩa với việc đã hoàn tất nghĩa vụ thuế. Ngừng hoạt động trên thực tế và chấm dứt hiệu lực mã số thuế là hai vấn đề pháp lý khác nhau.

Theo Phụ lục I Thông tư 90 của Bộ Tài chính, trạng thái mã số thuế 03 là “người nộp thuế ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế”. Khi còn trạng thái này, quá trình khép lại nghĩa vụ thuế chưa hoàn tất.

Do đó, doanh nghiệp, hộ kinh doanh cần rà soát và xử lý các nghĩa vụ còn tồn như hồ sơ khai thuế, số thuế phải nộp, tiền chậm nộp, tiền phạt, hóa đơn và các thủ tục liên quan. Không thể mặc nhiên cho rằng đã đóng cửa nhiều năm thì mọi nghĩa vụ thuế cũng tự động chấm dứt.

Tuy nhiên, cũng cần tránh cách hiểu rằng cứ ở trạng thái 03 thì mặc nhiên phát sinh toàn bộ nghĩa vụ thuế như một doanh nghiệp đang hoạt động. Nghĩa vụ cụ thể phải căn cứ vào hoạt động thực tế, kỳ tính thuế, hồ sơ khai thuế và các khoản còn tồn.

Rủi ro lớn nhất là người kinh doanh tưởng đã “đóng cửa” nhưng hồ sơ thuế vẫn chưa được khép lại. Vì vậy, việc để mã số thuế ở trạng thái này trong thời gian dài không nên bị bỏ mặc.

PV: Nếu người nộp thuế đã thực sự ngừng kinh doanh, không có doanh thu, giao dịch nhưng chưa chấm dứt mã số thuế, cơ quan thuế căn cứ vào trạng thái quản lý hay phải xác định nghĩa vụ thuế thực tế phát sinh?

Luật sư Nguyễn Văn Tuấn: Trạng thái 03 (ngừng hoạt động nhưng chưa chấm dứt MST) chỉ là tình trạng quản lý, cơ quan thuế không thể mặc nhiên "ấn" doanh thu hay truy thu thuế cho toàn bộ thời gian chưa làm thủ tục.

Thuế chỉ phát sinh dựa trên giao dịch và doanh thu thực tế. Nếu chứng minh được đã ngừng kinh doanh và không có doanh thu, người nộp thuế sẽ không bị truy thu thêm.

Chưa đóng mã số thuế đồng nghĩa người nộp thuế vẫn phải nộp đủ tờ khai, quyết toán, tiền thuế nợ, phạt chậm nộp (nếu có) trước khi chính thức chấm dứt mã số thuế.

Nếu có căn cứ cho thấy người nộp thuế khai thiếu hoặc không kê khai, cơ quan thuế có quyền ấn định thuế theo Điều 24 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15.

PV: Theo Luật sư, đề xuất chỉ xử phạt việc không thông báo ngừng kinh doanh hoặc không chấm dứt mã số thuế, thay vì truy thu thuế trong thời gian không hoạt động, có hợp lý không?

Luật sư Nguyễn Văn Tuấn: Theo tôi, đề xuất này có cơ sở nhưng không thể áp dụng chung cho mọi trường hợp. Cần phân biệt không hoàn tất thủ tục thuế với thực tế có phát sinh nghĩa vụ thuế nhưng không kê khai, nộp thuế.

Nếu doanh nghiệp, hộ kinh doanh đã thực sự ngừng hoạt động, không có doanh thu, giao dịch hay căn cứ tính thuế thì nên xử lý hành vi không thực hiện thủ tục, thay vì mặc nhiên truy thu thuế trong toàn bộ thời gian mã số thuế chưa đóng.

Ngược lại, nếu vẫn có doanh thu, giao dịch nhưng không kê khai hoặc kê khai thiếu thì cơ quan thuế có cơ sở truy thu và áp dụng các chế tài liên quan.

Không nên lấy trạng thái mã số thuế thay thế cho căn cứ xác định nghĩa vụ thuế. Quản lý thuế cần dựa trên hoạt động thực tế, doanh thu và giao dịch, theo hướng thu đúng đối tượng, đúng nghĩa vụ và đúng pháp luật.

Chủ động khép hồ sơ, tránh rủi ro về sau

PV: Theo Luật sư, cần căn cứ hồ sơ, dữ liệu nào để chứng minh doanh nghiệp, hộ kinh doanh đã thực sự ngừng hoạt động, không phát sinh doanh thu?

Luật sư Nguyễn Văn Tuấn: Để xác định doanh nghiệp, trước hết, có thể căn cứ thông báo ngừng kinh doanh, hồ sơ đăng ký, thanh lý mặt bằng, lao động, điện nước, hợp đồng với nhà cung cấp... để xác định thời điểm dừng hoạt động.

Đồng thời, cần rà soát sao kê ngân hàng, ví điện tử, cổng thanh toán, sàn thương mại điện tử, đơn vị vận chuyển và hóa đơn điện tử. Nếu không còn đơn hàng, hóa đơn hay dòng tiền mang bản chất doanh thu thì đây là những chứng cứ quan trọng.

Bên cạnh đó, cần đối chiếu hồ sơ khai thuế, sổ sách kế toán, công nợ và hàng tồn kho. Một hồ sơ chứng minh thuyết phục phải có sự thống nhất giữa nhiều nguồn dữ liệu, cho thấy không còn giao dịch, doanh thu hay căn cứ tính thuế.

Theo Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, cơ quan thuế có quyền yêu cầu cung cấp thông tin tài khoản ngân hàng, tài chính và các tài liệu liên quan, đồng thời sử dụng dữ liệu phục vụ quản lý thuế.

PV: Luật sư khuyến nghị gì với doanh nghiệp, hộ kinh doanh đã ngừng hoạt động lâu nhưng mã số thuế vẫn còn hiệu lực, để tránh bị phạt, truy thu hoặc vướng mắc khi chấm dứt mã số thuế?

Luật sư Nguyễn Văn Tuấn: Doanh nghiệp/hộ kinh doanh đã ngừng hoạt động cần chủ động làm thủ tục chấm dứt mã số thuế thay vì chờ cơ quan thuế rà soát, tránh nguy cơ bị truy vấn, xử phạt về sau.

Ngừng kinh doanh thực tế không đồng nghĩa với hoàn tất nghĩa vụ thuế. Mã số thuế còn hoạt động thì người nộp thuế vẫn phải hoàn tất hồ sơ, tờ khai còn thiếu và chịu trách nhiệm nếu phát sinh thuế/doanh thu chưa kê khai.

Theo Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, cơ quan thuế có quyền khai thác tài khoản ngân hàng và dữ liệu tài chính, khiến việc "ngâm" mã số thuế lâu năm dễ phát sinh rủi ro pháp lý.

Quy trình 4 bước xử lý: Xác định thời điểm ngừng hoạt động thực tế; Rà soát & đối chiếu dữ liệu (tờ khai, hóa đơn, nợ thuế, sao kê ngân hàng...); Hoàn thiện hồ sơ và đóng các nghĩa vụ còn thiếu (thuê luật sư nếu phức tạp); Nộp hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế để chính thức khép lại trách nhiệm pháp lý.

Chủ động “đóng” hồ sơ thuế sẽ giúp hạn chế nguy cơ bị truy vấn, xử phạt và chính thức khép lại trách nhiệm pháp lý đối với hoạt động kinh doanh đã kết thúc.