Cây sâu mục bên trong, rễ bị thối, mưa, nền đất yếu, gió lớn do hiện tượng đảo nhiệt và hút gió bởi nhiều nhà cao tầng ở khu vực đô thị... là những yếu tố đe dọa đến sự an toàn của hệ thống cây xanh trong mùa mưa bão. Để chủ động bảo đảm an toàn hệ thống cây xanh, việc kiểm tra, rà soát, cắt sửa cây phòng mưa, bão đã và đang được các đơn vị quản lý, duy tu, duy trì hệ thống cây xanh triển khai. Ngoài ra, cơ quan chức năng của thành phố Hà Nội còn lên phương án bảo vệ cây di sản, cây lâu năm có giá trị đặc biệt.