Nhà nguyện trong Đại chủng viện Thánh Giuse Sài Gòn dài 30 m, rộng và cao 10 m, mang nét kiến trúc Gothic đặc trưng của Pháp.
Đại chủng viện Thánh Giuse Sài Gòn (số 6, đường Tôn Đức Thắng, quận 1) được xây dựng từ năm 1863 bởi linh mục Wilbaux. Công trình khánh thành sau ba năm xây dựng với 60 chủng sinh đầu tiên. Trước kia, nơi đây vốn là một tổ hợp lớn gồm Đại chủng viện, Nhà thờ Thánh Phaolô, Chủng viện Thánh Phaolô, nhà nguyện, tu viện... Sau năm 1975, một phần đất của Đại chủng viện tách ra làm cơ sở của ĐH Sài Gòn, xây cụm dân cư và làm đường Nguyễn Hữu Cảnh.
Nhà nguyện của Trung tâm Mục vụ, thuộc Đại chủng viện Thánh Giuse Sài Gòn, được xây dựng năm 1867 và khánh thành sau 4 năm. Ngôi nhà nguyện này dài 30 m, rộng và cao 10 m, mang nét kiến trúc Gothic đặc trưng.
Tổng giám mục Phaolô Bùi Văn Đọc sẽ được an táng tại nhà nguyện này, bên cạnh hai mộ phần của Đức cố Tổng Phaolô Nguyễn Văn Bình và Đức Giám mục phụ tá Luy Phạm Văn Nẫm. Thánh lễ an táng sẽ diễn ra vào 8h ngày 17/3 tại Trung tâm Mục vụ của Đại chủng viện.
Ngay sau nhà nguyện là mộ phần của linh mục Wilbaux, người sáng lập lên Đại chủng viện Thánh Giuse Sài Gòn.
Phía trước nhà nguyện là khu nhà truyền thống, nơi trưng bày đồ cổ, sách cổ, di tích các Thánh tử đạo, các tượng điêu khắc, tranh nghệ thuật tôn giáo và dân gian...
Cạnh nhà truyền thống là bức tượng bán thân ông Nguyễn Trường Tộ (1830 - 1871), là người đã vẽ lên bản thiết kế Đại chủng viện thánh Giuse Sài Gòn. Ngoài ra, ông còn là người đã đề xuất rất nhiều kế hoạch cải cách táo bạo, nhằm đưa đất nước thoát khỏi cảnh trì trệ, tiến lên trở thành một quốc gia giàu mạnh.
Như nhiều nhà thờ khác, Đại chủng viên thiết kế các ô cửa kính nhiều màu cùng với các hình ảnh, câu chuyện kinh thánh.
Các công trình, nét kiến trúc trong Đại chủng viện vẫn còn khá nguyên vẹn sau hơn 150 năm tồn tại.
Từ năm 2012, do nhu cầu phát triển, một khu nhà mới được xây dựng với một giảng đường 500 chỗ, nhà chủng sinh dự bị và dãy nhà khách phục vụ cho những hội nghị. Đức giám mục Phaolô Bùi Văn Đọc qua đời tại Vatican (Roma, Italy) lúc 5h ngày 7/3, hưởng thọ 74 tuổi. Ông bị đột quỵ sau khi dâng Thánh lễ tại Vương cung thánh đường Thánh Phaolô, ngoại thành Roma. Dù được đưa ngay đến bệnh viện nhưng ông không qua khỏi.
